DNA Wobbler – Et videnskabeligt SaaS-værktøj bygget med AI

Kan AI bygge en videnskabelig SaaS-platform i produktionskvalitet? Hos Allegro IT beviste vi, at det kan lade sig gøre. DNA Wobbler er et værktøj til restriktionsenzym-site engineering, der hjælper molekylærbiologer med at redesigne DNA-sekvenser ved hjælp af synonyme kodonsubstitutioner. Det er bygget med AI-assisteret udvikling — fra arkitekturbeslutninger til kodegenerering — og det er live, gratis at bruge, og betjener rigtige forskere i dag.

Hvad er DNA Wobbler?

DNA Wobbler er et webbaseret værktøj til restriktionsenzym-site engineering, designet til molekylærbiologer og genetiske ingeniører. Du indtaster en kodende DNA-sekvens og vælger en målorganisme, og værktøjet bruger en målrettet algoritme til at finde synonyme kodonændringer, der skaber eller fjerner restriktionsenzym-genkendelsessites i din sekvens. Med andre ord introducerer det tavse mutationer, der ændrer restriktionskortet for et gen uden at ændre det protein, det koder for.

Værktøjet er tilgængeligt på services.allegroit.dk og er gratis for alle forskere.

Sådan fungerer det

Videnskaben bag DNA Wobbler bygger på den genetiske kodes redundans. De fleste aminosyrer kodes af flere kodoner, og udskiftning af et synonym med et andet bevarer proteinsekvensen, mens det potentielt introducerer eller fjerner et restriktionsenzym-klippested. DNA Wobbler automatiserer denne proces i stor skala.

Du indtaster din kodende sekvens, vælger en målorganisme til kodon-optimering og vælger en enzymtilstand: almindelige enzymer (ca. 30), alle kendte enzymer (650+) eller enzymer fra en bestemt leverandør som NEB eller Thermo Fisher. Algoritmen genererer derefter tusindvis af variantsekvenser, der hver scores af et multi-parameter system.

Multi-parameter scoring

Hvert resultat evalueres på tværs af seks videnskabelige dimensioner for at sikre, at de foreslåede ændringer ikke kun er teoretisk gyldige, men også praktisk anvendelige:

• Codon Adaptation Index (CAI) — måler hvor godt de nye kodoner matcher den foretrukne brug i din målorganisme
• CpG-dinukleotidindhold — markerer ændringer, der kan påvirke genekspression eller methylering
• mRNA minimum fri energi (MFE) — forudsiger om sekundære strukturer kan forstyrre translationen
• Kodonpar-bias — evaluerer organismespecifikke kodonpar-præferencer, der påvirker translationseffektiviteten
• Kodonfrekvens — kontrollerer individuel kodon-sjældenhed i målorganismen
• Splejsningsmotiv-risiko — screener for exoniske splejsningsforstærker-hexamerer, der kan forårsage utilsigtet splejsning

Resultaterne viser opnåede og tabte restriktionssites, klippepositioner og kommerciel leverandørinformation for hvert enzym.

Baggrundsbehandling til store jobs

Til større analyser kan registrerede brugere indsende baggrundsjobs, der genererer op til 100.000 variantsekvenser. Systemet bruger Celery-opgavebehandling med realtidsfremskridtssporing og sender en e-mailnotifikation, når jobbet er færdigt.

Bygget med AI — fra arkitektur til deployment

DNA Wobbler er en fuldstack SaaS-applikation bygget på en moderne teknologistak — og AI var involveret i alle faser af udviklingsprocessen. Fra design af databaseskema og udvikling af scoringsalgoritmer til opbygning af React-frontenden og konfiguration af CI/CD-pipeline — AI-assisteret udvikling gjorde det muligt at levere en kompleks videnskabelig platform på en brøkdel af den tid, traditionel udvikling ville kræve.

• Backend: Django, GraphQL (Graphene), Celery + Redis, Biopython, PostgreSQL
• Frontend: React med TypeScript, Apollo Client, TailwindCSS
• Infrastruktur: Docker Compose på Hetzner Cloud med automatiseret CI/CD-deployment

AI genererede ikke bare boilerplate — det bidrog til den domænespecifikke logik, multi-parameter scoringssystemet og algoritmerne til restriktionssite-analyse.

Hvad dette betyder for din virksomhed

DNA Wobbler er ikke bare et videnskabeligt værktøj — det er en demonstration af, hvad AI-drevet softwareudvikling kan levere. Hos Allegro IT bruger vi AI til at bygge, levere og vedligeholde produktionssoftware hurtigere og mere omkostningseffektivt end nogensinde før.

Hvis din organisation har brug for skræddersyet softwareudvikling — hvad enten det er et videnskabeligt værktøj, en databehandlingspipeline, en legacy-systemmodernisering eller en webapplikation — betyder AI-assisteret udvikling, at vi kan levere mere, hurtigere og til lavere omkostninger. Kontakt os for at diskutere dit projekt.

Prøv DNA Wobbler

DNA Wobbler er live og gratis at bruge. Besøg services.allegroit.dk for at prøve det med dine egne sekvenser. Se selv, hvordan AI-bygget software ser ud i produktion.